مسجد و مدرسه‌ جامع‌ زنجان‌ در بافت‌ تاریخی‌ و قدیمی‌ شهر قرار دارد. مجموعه‌مسجد و مدرسه‌ سید توسط‌ «عبدالله‌ میرزادارا» پسر یازدهم‌ فتحعلی‌ شاه‌ قاجار، در هنگام‌ حکمرانی‌ در زنجان‌(1242 ه . ق‌) احداث‌ شده‌ است‌. این‌ مجموعه‌ تاریخی‌ یکی‌ از بناهای‌ ارزشمندی‌ است‌ که‌ براساس‌ طرح‌مساجد چهار ایوانی‌ به‌ سبک‌ دو پوشه‌ ساخته‌ شده‌ که‌ پوشش‌ اوّل‌ تکیه‌ گاه‌ تزئینات‌ و پوشش‌ دوم‌ سقف‌ایوانهاست‌. در سمت‌ شرقی‌ و غربی‌ صحن‌ مسجد بطور قرینه‌ 16 واحد حجره‌ و در جبهه‌ شمالی‌ نیز 6 واحدحجره‌ جهت‌ اقامت‌ طلاب‌ علوم‌ دینی‌ احداث‌ شده‌ است‌.
سقف‌ حجره‌ها بسیار زیباست‌ و با استفاده‌ از قوس‌های‌جناغی‌ در ارتفاع‌ 5/2 متری‌ از کف‌ زمین‌ اجرا شده‌اند. سقف‌ ایوان‌ همه‌ حجره‌ها با استفاده‌ از مقرنس‌کاری‌ گچی‌ وفیل‌ پوش‌ حجره‌ها نیزبا کاشی‌های‌ ختایی‌ دوران‌ قاجار تزئین‌ شده‌ است‌. این‌ مسجد، در جبهه‌ جنوبی‌ سه‌شبستان‌ دارد. شبستان‌ زنانه‌ و مردانه‌ در طرفین‌ و شبستان‌ گنبد دار در وسط‌ و پشت‌ ایوان‌ قرار دارد. در وسط‌ هرشبستان‌، یک‌ محراب‌ ساخته‌ شده‌ است‌. گنبد مسجد جامع‌ زنجان‌ از معدود گنبدهایی‌ است‌ که‌ بدون‌ گوشواره‌ وترنبه‌ برروی‌ جرزهای‌ چهار گانه‌ ضخیم‌ نشسته‌ است‌ و در نتیجه‌، تغییر طرح‌ درونی‌ آن‌ از مربع‌ به‌ دایره‌ در تکیه‌ گاه‌گنبد امکان‌پذیر شده‌است‌ .